1519 herrschte die Pest besonders heftig in der Goldenen Aue und im Harz. Da unser Kirchenbuch aber erst zum Ende des 16. Jahrhunderts beginnt, ist es nicht mehr nachvollziehbar, wie viele Opfer diese schreckliche Krankheit in Kelbra-Altendorf gefordert hat.
1525 traf Thomas Müntzer am Kyffhäuser ein, Müntzer gingen Martin Luthers Lehren nicht weit genug.
Luther strebte eine Reformation der Kirche und deren Lehren an. Müntzer aber wollte nicht nur gegen die Kirche sondern auch gegen die Landesherren kämpfen. Er verlangte Gütergemeinschaften, Vertreibung der Obrigkeit, die Beseitigung der Taufe von Kindern und ähnliches mehr. In der Goldenen Aue fand Müntzer besonders viel Anhang. Das einfache Volk hier lebte in erdrückender Armut. Es fühlte den unhaltbaren Zustand der Knechtung und Verdummung, und sehnte sich nach Besserung und nach Aufklärung.
Müntzer wurde mit 25 seiner Führer am 30.Mai 1525 in Mühlhausen hingerichtet. Auch in Sangerhausen und anderen Orten wurden Rebellen zum Henker geführt. Insgesamt sollen ca. 300 Rädelsführer hingerichtet worden sein. Über alle Orte aus denen sich Bewohner an dem Bauernaufstand beteiligten, wurde harte Strafen verhängt. Kelbra musste die für die damalige Zeit sehr große Summe von 500 Gulden zahlen.
1538 erhielt Altendorf die herrschaftliche Erlaubnis zur Kirmes, zu Taufen und zum Eigenverbrauch in den Haushalten Bier gebraut werden durfte. Daraufhin richtete sich Altendorf ein eigenes Brauhaus ein und braute dort Bier zum Verzapfen in den Schenken. Da die Stadt Kelbra ihr Braurecht nachwies, hörte das brauen im Altendorf wieder auf.
1524 nahmen die Grafen von Stolberg ein großes Darlehen auf, um damit den Bergbau voranzutreiben.
Zur Sicherheit wurden sämtliche Stolberger Güter zu Lehen an Sachsen verschrieben. Die bergbaulichen Unternehmungen lieferten später nicht den erhofften Ertrag. Deshalb brachten die eingegangenen Schuldverbindlichkeiten dem gräflichen Haus die großen finanziellen Schwierigkeiten. Die Grafen zu Stolberg konnten die vertraglich festgelegte Summe an Silber nicht aufbringen und so ging der Stolberger Anteil des Amtes Kelbra an die Händler über.
1565 erhielt Kelbra ein Verwaltungsstatut durch die Grafen zu Schwarzburg und zu Stolberg. Dies ist das älteste Spezialgesetz für Kelbra, das noch bekannt ist.
1567 ist der Schneiderinnung zu Kelbra ein landesherrliches Innungsprivilegium erteilt wurden, das ist das älteste, welches zu ermitteln war. Die Privilegien enthielten das ausschließliche Recht zum alleinigen Betrieb des Handwerks durch die Innungsmitglieder und ein Verbot für Nichtmitglieder.
1567 verstarb der Ritter Hans Friedrich von Tütchenrode, mit ihm starb das Geschlecht derer von Tütchenrode aus. Es war der letzte Besitzer der Rothenburg, dieser aber selbst nicht mehr bewohnte. Er lebte schon längere Zeit auf seinem Rittersitz in Kelbra, dem späteren Storkauerhof.
1576 verstarb ebenfalls Pfarrer Bock, welchen Johann Niemann ersetzte. Einige Zeit später wurde an der Georgii-Kirche ein zweites geistliches Amt errichtet und Pfarrer Niemann erhielt den Titel eines Pastor Primarius der Stadtkirche zu Kelbra. Das zweite Amt, lange Zeit Kaplan, später Diakonus genannt besetzte zum 1.mal Christian Avianus Vogler.
1595 ließ der edle Herr von Hacke die Gebäude in seinem Rittersitz heute „Alter Hof" am damaligen Ende der Langenstraße auf der südlichen Seite abreißen. An dieser Stelle erbaute er ein neues Gehöft.
Über dem Eingang zum Küchengebäude ließ er eine in Stein gehauene Inschrift anbringen.
DRINK UNO: S
GOTTES NICHT VERGIS
ANNO 1.5.9.5.
1597 brachte eine große Teuerung, so dass die armen Leute Hunger leiden mussten. Die Hungersnot schaffte einen günstigen Boden für die im Frühjahr 1598 wütete die Pest. Diese forderte in Kelbra-Altendorf viele Opfer. Täglich ertönte das Sterbegeläut. Kein Arzt und kein Mittel konnte Hilfe bringen. Jeder Kranke starb schon nach kurzer Zeit.
Das Jahr 1598 nannten unsere Vorfahren in den alten Schriften noch lange Zeit unter Furcht
„ die große Sterbezeit".
Diese Bezeichnung war durchaus gerechtfertigt, denn in Kelbra-Altendorf fordert die Pest 415 Opfer, kein Haus war verschont, der dritte Teil der Einwohnerschaft sank ins Grab.